در طول چند ده گذشته، شرکتها، سرمایه، منابع و زمان زیادی را صرف بهبود ظرفیتهای مدیریت پروژهایشان برای بدست آوردن محصولات، خدمات و توسعه کارا، نموده اند. اغلب مدیران عالی در این شرکتها موافق سرمایه گذاری در متدهای مدیریت پروژه، ابزارهایی جهت تأثیر مناسب در برنامه ریزی و اجرای توسعه پروژه ها بودند. به هر حال صحبت در مورد مدیران پروژه و مدیران عالی رتبه سازمانی است که استفاده تنها از روشهای مدیریت پروژه سبب مشکلات بزرگی برای توسعه ظرفیتهای جدید سازمانشان شده است که در ذیل به چند نکته از این نگرانی های اشاره می کنیم:
فقدان کسب و کار یکپارچه: یک مدل کسب و کار شرکت به درآمد، هزینه و سود اقتصادی می پردازد و هدف از استراتژی نشان دهنده زمنده ماندن سرمایه گذاری به عنوان یک کل است. نقطه حیاتی زمان تحقق استراتژی میاشد. زمانی که ما بدانیم فقط 10% از استراتژی ها محقق و 90% از آنها با شکست مواجه می شوند، خواهیم فهمید که مشکل واقعی، پیاده سازی استراتژی است نه توسعه آن.پیاده سازی استراتژی شامل چندین عملکرد و فرآیند کسب و کار می باشد که نیاز به هدایت و یکپارچه سازی درونی و رفتار هماهنگ کسب و کار که سبب تحقق اهداف مزایا، هزینه و سرمایه می شود. مدیریت پروژه برای هدایت و یکپارچه سازی مکانیزم مهندسی شده است. مشکل مدیریت پروژه این است که بر روی محدودیتهای سه گانه (زمان، هزینه و کیفیت) تمرکز دارد و خیلی وقتها برای ارائه خدمات به عنوان یکپارچه سازی کسب و کار متمرکز شده بر روی پیاده سازی استراتژی شکست می خورد.
عدم تطابق بین استراتژی و اجراء: در تعداد زیادی از سازمانها، یک عدم تطابق اجرایی بین اهداف استراتژی سازمانی و تناظر توانمندیها با شناسایی، مدیریت و اجرای پروژه های هدف برای تحویل خروجی ها وجود دارد. اغلب شکاف عمیقی بین اهداف کسب و کار و فعالیتهای مدیریت پروژه وجود دارد. پروژه ها ممکن است با رعایت به زمان، هزینه و کیفیت در کارایی موثر و هدفمند باشند اما برای تحقق انتظارات کسب و کار مانند افزایش سهم بازار یا افزایش بهره وری کارکنان ناموفق هستند.
مدیریت ضعیف بر روی بازگشت سرمایه: با تلاشهای توسعه چندگانه در مراحل مختلف در هر زمان، مدیران عملیاتی واحدهای کسب و کار، قادر به مدیریت سرمایه ها در همه منابع و بودجه توسعه نخواهند بود و این مسئولیت بر عهده مدیریت پروژه می باشد. اغلب مدیران پروژه بر سر مدیریت مناسب جنبه های کسب و کار محصولات، خدمات و تلاشهای توسعه زیر ساخت بحث دارند چرا که قسمت عمده ای از آموزشها و تجاربشان متمرکز بروی عملیات اجرای پروژه می باشد.افزایش پیچیدگی: میزان پیچیدگی طرح بر اساس درخواستهای اعلام شده توسط مشتریان می باشد که شامل عملکرد، قابلیتها و مطابق سازی است. تلاشهای توسعه اغلب در امتداد حیطه یک پروژه تنها می باشد.
روند کند "زمان به هزینه": شرکتها در گذشته با استفاده از روش "زمان به هزینه" می توانستند مزایای رقابتی قابل توجهی را برای محصولات، خدمات و توسعه زیر ساخت ایجاد کنند که در حال حاضر غیر قابل استفاده می باشد. پروژه ها با روش آبشاری کار می کردند بدین صورت که فعالیتها از یک تیم به تیم دیگر پروژه حرکت می کرد و باعث کندی مزایای رقابتی در کسب زمان به پول می شد.ضعف همزمان مدل توسعه که در توسعه عملیاتی اتفاق می افتد بدلیل پتانسیل های بالا برای دوباره کاری های زیاد تاخیر در پروژه بصورت همزمان غیر کارا می باشد. سرانجام تلاشها باید با هدف یکپارچه سازی که خیلی وقتها فقط قبل یا در اوایل بخش نهایی اعتبار سنجی و تست یکسان سازی می شوند اتفاق می افتد. وقتی که واسط بین تلاشهای توسعه جاری بطور شایسته تعریف، ابلاغ، مدیریت می شود.